Premiery:
- Francja: 20 sierpnia 2007
- USA: 18 maja 2007 roku
- Polska: 15 grudnia 2007 roku
W fabule rozwija się większość wątków. Grafika znacznie się poprawiła, nowa struktura Lyoko nadała przejrzyste efekty w walce... William, pod wpływem X.A.N.Y. atakuje naszych bohaterów, którzy z nim mają marne szanse. Jeremy zaprojektował klona Williama, który będzie zastępował jego prawdziwą osobowość na Ziemi, oraz nowe wcielenia w Lyoko w celu większych szans z Williamem. Dodatkowo w odcinku 71 zmienia się ubiór bohaterów na Ziemi. Bohaterowie odkrywają cyfrowe morze (teraz w innym znaczeniu), w którym pływają wirtualnym statkiem Skidbladnirem, poszukując tajemnic nieodkrytych przez nich jeszcze. X.A.N.A., tworzy nowe potwory: Kalmar, Rekin i Skrzyżowanie mureny z węgorzem (kongera), które występują w Cyfrowym Morzu. X.A.N.A. stworzył repliki wszystkich sektorów Lyoko umieszczonych w superkomputerach znajdujących się w różnych częściach Świata. Zadaniem bohaterów jest unicestwienie ich. Niestety, duża ilość nowych wątków doszła kosztem zastanawiającego sensu istnienia superkomputera, a także wielu zagadek związanych z Aelitą. Twórcy poszli na łatwiznę - uśmiercili jej ojca. Czy kiedyś dowiemy się, jak to było od początku? Nie wiadomo, twórcy w dalszym ciągu zastanawiają się nad kontynuacją "Kod Lyoko".
Seria kończy się zniszczeniem X.A.N.Y. i śmiercią Franza Hoppera
Odcinki czwartej serii:
- Odcinek 66 "William powraca"
- Odcinek 67 "Dubler"
- Odcinek 68 "Młode talenty"
- Odcinek 69 "Dyżurny"
- Odcinek 70 "Skidbladnir"
- Odcinek 71 "Dziewiczy rejs"
- Odcinek 72 "Kurs komputerowy"
- Odcinek 73 "Replika"
- Odcinek 74 "Wolałbym o tym nie mówić"
- Odcinek 75 "Gorący deszcz"
- Odcinek 76 "Jezioro"
- Odcinek 77 "Zaginiony w morzu"
- Odcinek 78 "Laboratorium"
- Odcinek 79 "Przechwałki"
- Odcinek 80 "Pieskie popołudnie"
- Odcinek 81 "Dobry i zły"
- Odcinek 82 "Odległe wspomnienia"
- Odcinek 83 "Niefart"
- Odcinek 84 "Rakieta"
- Odcinek 85 "Fatalne zauroczenie"
- Odcinek 86 "Wielokrotność psa"
- Odcinek 87 "Wyprawa kosmiczna"
- Odcinek 88 "Kuzyn z odzysku"
- Odcinek 89 "Muzyka łagodzi obyczaje"
- Odcinek 90 "Feralne zdjęcie"
- Odcinek 91 "Dziwne połączenia"
- Odcinek 92 "Zimny pot"
- Odcinek 93 "Powrót na Ziemię"
- Odcinek 94 "Walka aż do końca"
- Odcinek 95 "Echa"